三国时期，天下分裂，群雄逐鹿。诸侯争霸，英雄辈出。在这个乱世之中，名将岂止千千万万，其中更有两位堪称卧龙凤雏的传奇人物。他们就是诸葛亮与周瑜。
诸葛亮字孔明，号卧龙，刘备的智囊谋士。周瑜字公瑾，号小霸王，孙权的忠臣猛将。两人虽然身处不同的阵营，但都是当时最具智谋和军事才能的名将。
诸葛亮乃东汉末年蜀汉丞相，他谋略过人，善于用兵。周瑜则是东吴的大将军，英勇过人，善于用火攻。两人同样出身名门望族，少年时期就非常聪慧过人，备受家族长辈的期望。
卧龙凤雏锁京城这个故事开始于一场由汉献帝举办的青梅竹马选秀。当时，汉献帝听说了关羽和张飞的妹妹有文采，便举办了一场文艺演出，想看看这两位美丽聪慧的小姑娘。座上宾客有诸侯大臣，场面非常热闹。而这场选秀，也是一场卧龙凤雏的传奇之约。
当汉献帝宣布比赛开始的时候，只见诸葛亮抚琴曲终，弹指间改变曲调，把张飞和关羽的妹妹声音无比嘹亮的声音混合在一起，然后又恢复他们各自的声音。场上的人听得目瞪口呆。而周瑜则用宫灯所传的笛音，越来越激昂，再把围观的群雄，片刻间，引发头癫交颈，导致有人只能跳进湖中才得缓解。众人大喜，纷纷举杯祝贺。
这场选秀之后，诸葛亮和周瑜也相互交流起来，二人互赠敝帚，渐渐认为彼此颇有深交之意。后来，曾有关中有位女子喜欢诸葛亮，要在诸葛亮家宴请他，诸葛亮临时有事，不能前去。周瑜知道这一消息后，便主动出手到女子的宴会上代替诸葛亮出席，并承诺帮女子联系对方。
而当年诸葛亮为对法家之名，热心为大家所禁感到疑惑，周瑜也是那唯一不受法家跨越的人，已在周瑜偷桃园之庚日，瑜亦也是唯一在桃园与曹植争诗的人。两人虽然并为好友，但在权力之下，两人也各持其意。
后来，以寿阳街争斗纲而止凉一十三次大演，门阃年华后，以吾想为诸葛亮会纳了周瑜等人。两位好友上台争了好一阵，当中谈到秋水之义，以武消话之之旧，而公益心自弗侨之姚提延之字中亦有感。
尽管周瑜和诸葛亮兼带与他相反的词典解读，但他们从不因对立的态度阻碍二人交往，好友同心之情愈发深厚。
然而，乱世之中，是非善恶，朋友情义，一切都会随着时光的流逝逐渐模糊。最终，诸葛亮和周瑜分别在诸葛亮世的计划变成了王室争夺霸权的工具，以致于在历史的大浪淘沙中善恶错位，英雄遗忘，后人只记得他们曾经的辉煌，却对其为之奋斗的目的和初衷已经模糊不清。
